Το χωρισμό του από τη νεαρή Μαρία Ιωαννίδου αποκάλυψε ο Γιάννης Μπουτάρης με αφορμή το βιβλίο του «Εξήντα χρόνια τρύγος».
Με τη Μαρία Ιωαννίδου ήταν παντρεμένος από το 2018 με σύμφωνο συμβίωσης και ζούσαν μέχρι πρότινος σε ένα διαμέρισμα στον πεζόδρομο της Αγίας Σοφίας, στο κέντρο της Θεσσαλονίκης, μαζί με τα δύο παιδιά της Μαρίας Ιωαννίδου. Ομως δύο χρόνια μετά ήρθε ο χωρισμός. Αλλωστε ο ίδιος ο Γιάννης Μπουτάρης το επιβεβαίωσε και δημοσίως, σε συνέντευξη του στο Πρώτο Θέμα, λέγοντας: «Τώρα δεν είμαι με καμία. Η γυναίκα που αγαπούσα πέθανε. Μ’ αυτήν ήμουν ερωτευμένος από τα δεκαέξι μου. Κάναμε παιδιά, εγγόνια, χωρίσαμε… Μόνος μένω. Παντρεύτηκα ξανά πριν από δύο χρόνια, αλλά ο γάμος απέτυχε».
