Την ενοχή του π. Αντωνίου για περιστατικά κακοποιητικών συμπεριφορών στην Κιβωτό του Κόσμου, πρότεινε η εισαγγελέας του Τριμελούς Πλημμελειοδικείου Αθηνών.
Συγκεκριμένα με βάση όσα αναφέρει το το newsit.gr, σύμφωνα με την εισαγγελέα ο π. Αντώνιος πρέπει να κριθεί ένοχος κατά περίσταση για πλημμεληματικές πράξεις σχετιζόμενες με σωματικές βλάβες στον Βόλο και στην Χίο, ενώ ως φυσικοί αυτουργοί χαρακτηρίζονται τέσσερα στελέχη των δομών. Παράλληλα υπήρξε εισήγηση για την απαλλαγή του π. Αντώνιου για επιμέρους αδικήματα όπως της ηθικής αυτουργίας σε απειλή.
Καθοριστικό ρόλο στην εισαγγελική απόφαση διαδραμάτισαν οι καταθέσεις μαρτύρων καθώς σύμφωνα με αυτούς τίποτε δεν γινόταν στην Κιβωτό αν δεν ήταν σε γνώση του π. Αντώνιου, ενώ άλλη μάρτυρας άλλη ανέφερε πως λόγος του π. Αντώνιου ήταν νόμος. Ακολούθως η εισαγγελέας ανέλυσε το ρόλο κάθε κατηγορούμενου στην υπόθεση, επισημαίνοντας πως: «άπαντες είχαν υπό την προστασία τους, τους παθόντες», ενώ η πρόταση της εισαγγελέως της έδρας συνεχίζεται. Στον αντίποδα παιδιά κατέθεσαν ενώπιον του δικαστηρίου ότι: «Ο πατέρας Αντώνιος ήταν κεντρικό πρόσωπο Κιβωτού, ιδρυτής και εμπνευστής του έργου. Λειτουργούσε ως το πρόσωπο αναφοράς για τα παιδιά, καθώς και πως: «ήταν ο πατέρας μας».
